Ignacio Mendigutía se doctoró "cum laude" a principios de 2012 por la Universidad Autónoma de Madrid (UAM), tras desarrollar su investigación en el Laboratorio de Astrofísica Espacial y Física Fundamental (LAEFF) y una estancia pre-doctoral en el Space Telescope Science Institute (STScI-NASA, Baltimore, EE.UU) supervisada por el Dr James Muzerolle. Su tesis doctoral, codirigida por el Dr Benjamín Montesinos, el Dr Alcione Mora, y el Prof Carlos Eiroa, fue finalista a la mejor tesis Española en astrofísica, y fue nominada por la Sociedad Española de Astronomía para optar al premio a la mejor tesis Europea (premio "MERAC"). Este trabajo supuso un avance significativo en el conocimiento de los denominados objetos "Herbig Ae/Be", estrellas jóvenes más masivas que el Sol rodeadas de discos circunestelares en los que tiene lugar la formación planetaria.
Tras doctorarse y pasar un breve periodo en la UAM, durante los últimos 5 años ha trabajado como investigador post-doctoral con el Prof Sean Brittain en la Universidad de Clemson (EE.UU), y con el Prof Rene Oudmaijer en la Universidad de Leeds (R.U).
Lidera un alto porcentaje de las decenas de artículos de impacto que ha publicado en revistas internacionales arbitradas, siendo su trabajo referencia en el estudio de la formación y evolución de las estrellas Herbig Ae/Be y sus discos protoplanetarios
En Abril de 2017 pudo retornar a España al obtener una de las "Ayudas de Atracción de Talento Investigador" ofertadas por la Comunidad de Madrid, y actualmente lleva a cabo su actividad investigadora en el Centro de Astrobiología (CAB-CSIC/INTA)