La dirección del IIM, formada por su directora y dos vicedirectores, se ocupa fundamentalmente de la elaboración y seguimiento del plan estratégico del instituto, en el que se establecen los objetivos científicos y técnicos de su actividad científica, velando por su correcta ejecución.
Para ello, supervisa la distribución de los recursos disponibles a los distintos grupos y departamentos y se encarga de la coordinación de los servicios y actividades generales del centro (especialmente de la gestión económica).
En estas tareas cuenta con la asesoría del Claustro Científico (formado por los investigadores en plantilla) y de la Junta de Instituto (a la que pertenece el propio equipo de dirección, el gerente, los jefes de departamento y los representantes de personal)
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