Biología Computacional y Estructural

(Grupo mixto entre Genética y Producción Vegetal y Nutrición Vegetal)

Dr. Bruno Contreras Moreira*, Dra. Inmaculada Yruela Guerrero, Carlos Pérez Cantalapiedra (estudiante doctorado)

* Responsable del Grupo

Objetivo general

Desarrollo de métodos computacionales para el estudio de la regulación genética, la estructura y función de macromoléculas y la identificación de variantes y marcadores con valor filogenético. Está disponible en www.eead.csic.es/compbio/ una descripción completa de nuestros recursos y líneas de investigación.

Objetivos específicos

Genómica de plantas.

B. Contreras-Moreira, C Pérez-Cantalapiedra, en colaboración con la Dra.Ana Casas y el Dr. Ernesto Igartua.
bcontreras@eead.csic.es
Análisis estructural y funcional de macromoléculas.

I. Yruela, B. Contreras-Moreira.
yruela@eead.csic.es
Descubrimiento de redes de regulación transcripcional.

B. Contreras Moreira, I. Yruela.
bcontreras@eead.csic.es
Diseño a escala genómica de marcadores filogenéticos para mejora y diagnóstico molecular.

B. Contreras-Moreira, en colaboración con la Dra. Ana Casas, el Dr. Ernesto Igartua, la Dra. Inmaculada Yruela, y el Dr. Pablo Vinuesa (UNAM,México).
bcontreras@eead.csic.es

Publicaciones más representativas (desde 2008)

Sebastián,A. and Contreras-Moreira,B. (2013) The twilight zone of cis element alignments. Nucleic Acids Research, 41(3): 1438-1449
Yruela, I. and Contreras-Moreira, B. (2012) Protein disorder in plants: a view from the chloroplast BMC Plant Biology, 12:165
Sebastián, A., Cantalapiedra, C.P. and Contreras-Moreira, B. (2012) Interface similarity improves comparison of DNA-binding proteins: the Homeobox example. Lecture Notes in Computer Science, 6620/2012:72-82
Casas, A., Dejemel, A., Ciudad, F., Yahiaoui, S., Ponce, L., Contreras-Moreira,B., Gracia,M.P., Lasa,J.M. and Igartua,E. (2011) HvFT1 (VrnH3) drives latitudinal adaptation in Spanish barleys. Theoretical and Applied Genetics, 122:1293-1304
Sachman-Ruiz,B., Contreras-Moreira,B., Zozaya,E., Martínez-Garza,C. and Vinuesa,P. (2011) primers4clades, a web server to design lineage-specfic PCR primers for gene-targeted metagenomics. Chapter 51 in Frans J. de Bruijn (ed.), Handbook of Molecular Microbial Ecology vol.I: Metagenomics and Complementary Approaches. Wiley/Blackwell (Google books, Wiley)
Yruela, I., Arilla-Luna, S., Medina,M. and Contreras-Moreira, B. (2010) Evolutionary divergence of chloroplast FAD synthetase proteins. BMC Evolutionary Biology, 10: 311. http://hdl.handle.net/10261/28894
Contreras-Moreira, B. (2010) 3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes. Nucleic Acids Research, 38: D91-D97. http://hdl.handle.net/10261/17059
Martínez, J. I., Yruela, I., Picorel, R., Alonso, P. J. (2010) H-1 Hyperfine Interactions in the Mn-Cluster of Photosystem II in the S-2 State Detected by Hyperfine Sublevel Correlation Spectroscopy. Journal of Physical Chemistry B, 114: 15345–15353.
Sagasti, S., Yruela, I., Bernal, M., Luján, M. Á., Frago, S., Medina, M., Picorel, R. (2010) Characterization of the recombinant copper chaperone (CCS) from the plant Glycine (G.) max. Melallomics, 3: 169-17.
Contreras-Moreira, B., Sachman-Ruiz, B., Figueroa-Palacios, I., and Vinuesa, P. (2009) primers4clades: a web server that uses phylogenetic trees to design lineage-specific PCR primers for metagenomic and diversity studies. Nucleic Acids Research, 37(Web Server issue): W95-W100. http://hdl.handle.net/10261/13175
Yruela, I. (2009) Copper in plants: acquisition, transport and interactions. Functional Plant Biology, 36: 409-430.Yruela, I. (2009) Copper in plants: acquisition, transport and interactions. Functional Plant Biology, 36: 409-430.
Espinosa Angarica, V., González Pérez, A., Vasconcelos, A.T., Collado-Vides, J. and Contreras-Moreira, B. (2008) Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes. BMC Bioinformatics, 9: 436. http://hdl.handle.net/10261/8952
Vinuesa, P., Rojas-Jiménez, K., Contreras-Moreira, B., Mahna, S.K., Prasad, B.N., Moe, H., Selvaraju, S.B., Thierfelder, H., and Werner, D. (2008) Multilocus Sequence Analysis for assessment of the biogeography and evolutionary genetics of four Bradyrhizobium species that nodulate soybeans on the asiatic continent. Appl. Environ. Microbiol., 74: 6987-6996. http://hdl.handle.net/10261/28874
Lozada-Chávez,I. Espinosa Angarica, V., Collado-Vides, J. and Contreras-Moreira, B. (2008) The role of DNA-binding specificity in the evolution of bacterial regulatory networks. Journal of Molecular Biology, 379(3): 627-43. http://hdl.handle.net/10261/4998

(lista completa en www.eead.csic.es/compbio/publications.html)

Proyectos y contratos de investigación en vigor

STREG (http://www.streg.org), financiación de ERA-Net/PLANT_KBBE 2008 (EUI2008-03612).
Descubrimiento de nueva variabilidad para la mejora de la cebada en España, financiado por el Plan Nacional I+D+i 2011-2013 (AGL2010-21929, PI: Ernesto Igartua, EEAD-CSIC).
Técnicas avanzadas de resonancia paramagnética electrónica (EPR) para el diseño de materiales funcionales bioinspirados con aplicaciones energéticas, financiado por el Plan Nacional I+D+i 2012-2014 (ref. MAT2011-23861)
Desarrollo de software para la asignación de antígenos leucocitarios humanos (HLA). Contrato con Diagnostica Longwood S.L. (2012-2013)
Aspectos bioinformáticos de la biosíntesis y translocación de exopolisacáridos de S. meliloti. Proyecto de movilidad internacional en colaboración con la Universidad Nacional de Río Cuarto, Argentina.
Genómica comparada, biogeografía y evolución floral y adaptativa de gramíneas modelo, financiado por PN I+D+i 2013-2015 (ref. CGL2012-39953-C02-01, IP: P Catalán, UZ).

Herramientas software desarrolladas