El IPE es el centro del CSIC más antiguo de Aragón y el único dedicado exclusivamente a la investigación en ecología. Se fundó en Jaca en 1942, como Estación de Estudios Pirenaicos, y ya desde entonces ha tenido una orientación multidisciplinar. Desde 1945 edita una de las revistas más antiguas del CSIC: “Pirineos”, dedicada al estudio de las montañas en general.

En 1948 el Centro cambió su nombre al de Instituto de Estudios Pirenaicos, y se convirtió en un centro de investigación propiamente dicho, dedicado al estudio de la cordillera Pirenaica en los aspectos más diversos (geología, geografía, biología, climatología, etnografía, filología, derecho, prehistoria…).

En 1963 el CSIC creó en Jaca otro instituto de investigación, el Centro Pirenaico de Biología Experimental, con una orientación claramente ecológica. Durante sus primeras décadas las investigaciones del Centro Pirenaico de Biología Experimental se orientaban a esclarecer el funcionamiento de los ecosistemas de montaña en el Pirineo. Se formaron las colecciones patrón necesarias, entre las que destaca el Herbario JACA, colección botánica de referencia a nivel internacional. Este centro se instaló a partir de 1966 en el mismo edificio que ocupaba el Instituto de Estudios Pirenaicos. En 1983 ambos centros (Instituto de Estudios Pirenaicos y Centro Pirenaico de Biología Experimental) se fusionaron para formar un solo: el Instituto Pirenaico de Ecología, que continuó orientando su investigación en regiones montañosas.

En 1990 se crea una nueva sede en Zaragoza, en el Campus de Aula Dei, donde ya existían otros centros de investigación para facilitar la cooperación con otras instituciones aragonesas (Gobierno de Aragón, Universidad de Zaragoza) y darle una mayor proyección y visibilidad al instituto.

Una pequeña historia del Instituto Pirenaico de Ecología (IPE-CSIC) puede leerse en este artículo de Juan Pablo Martínez Rica, antiguo director del centro, publicado en la Revista "Pirineos" con motivo de la conmemoración de los sesenta años de su creación.