El IPE cuenta con una estación y cuatro cuencas experimentales, con su correspondiente instrumentación para monitorizar el efecto de los cambios ambientales (fluctuaciones climáticas y cambios de cubierta vegetal) sobre la dinámica hidrológica, la erosión y el transporte de sedimento. Las cuencas de Izas, Arnás, San Salvador y Araguás se establecieron en 1986, 1996, 1998 y 2004 respectivamente, en ambientes dispares como pastos subalpinos, antiguos campos de cultivo abandonados y en fase de recolonización vegetal, bosque denso y cárcavas erosionadas. Todas las cuencas cuentan con una estación meteorológica (precipitación, temperatura del aire, radiación solar, velocidad y dirección del viento) y una estación de aforos donde se controla continuamente el caudal (sensor de ultrasonidos de la altura del agua (Lundahl DCU-7110 ) y la concentración de sedimento en suspensión, utilizando un turbidímetro (LYX 800PT1), calibrado en laboratorio con sedimento de las respectivas cuencas. Los solutos se registran durante las crecidas, cuando el agua alcanza un determinado umbral que pone en funcionamiento un muestreador de agua ISCO 3700. La carga de fondo se estima mediante trampas de sedimento y mediante una aproximación volumétrica, utilizando un perfilador. Al menos dos pluviómetros adicionales se han instalado en cada una de las cuencas, con el fin de comprobar la variabilidad espacial de la lluvia.

Las cuencas de Arnás y San Salvador disponen de siete y dos piezómetros respectivamente, localizados a diferentes distancias del cauce principal, y que registran continuamente la altura de la capa freática. Este dato se obtiene mediante sensores de presión Keller DCX-22AA conectados a data loggers. En Izas hay un nivómetro (Geonor T-200B), un sensor ultrasónico (Campbell SR50) para medir la profundidad del manto de nieve, y un snow pillow (Sommer) para registrar su peso. La interceptación de la lluvia bajo cubierta forestal se mide en la cuenca de San Salvador en tres parcelas, cada una con 25 pluviómetros, en hayedo, pinar y robledal.

La Estación Experimental “Valle de Aísa” se compone de nueve parcelas experimentales (10 x 3 m) en las que se reproducen diferentes usos del suelo, tradicionales y actuales), con el fin de estudiar la producción de agua y sedimento en diferentes usos del suelo (matorral denso, prado, barbecho, cereal, agricultura nómada cerealista, parcela abandonada, parcela quemada…). La producción de agua se mide mediante un sistema de balancines conectados a data loggers.

El “Boalar”, es una finca experimental de 73 Ha. a escasos km de Jaca, que alberga una de las mejores formaciones de quejigal submediterráneo de Aragón. No ha sufrido intervención humana en los últimos cuarenta años, salvo pastoreo ocasional, y presenta por tanto un buen estado de desarrollo en su estructura vegetal. Es muy destacable la flora que contiene, con más de 500 especies entre las que destacan algunas catalogadas como amenazadas y otras de gran rareza en el conjunto del “Paisaje Protegido San Juan de la Peña y Monte Oroel” en el que se queda incluido.

En el corazón del Parque Nacional de Ordesa y Monte Perdido, el personal del IPE instaló en 1992  un par de exclusiones para ganado en los pastos subalpinos (Estación experimental de Ripalés, Cuello Arenas) junto a una pequeña estación meteorológica. Anualmente se monitorizan tanto variables climáticas como la evolución de la estructura y composición de la vegetación en estas exclusiones respecto a las zonas próximas pastoreadas de forma tradicional (áreas "control"), con el fín de desentrañar el papel del uso ganadero y del cambio climático en los hábitats más ricos del Parque.

La sede de Zaragoza cuenta también con un invernadero para la experimentación y el cultivo y propagación de especies vegetales, con el fin de poder disponer de abundante material para el desarrollo de proyectos de investigación, y para determinar la respuesta de las plantas a determinadas condiciones ambientales.